SEAMEO BIOTROP melaksanakan Audit Internal pada tanggal 11 November 2008. Peresmian pembukaan dipimpin oleh Prof.Dr.Ir. Handoko, Direktur SEAMEO BIOTROP. Acara tersebut diikuti oleh seluruh staf BIOTROP. Proses audit internal dilaksanakan tangggal 11-13 November 2008, meliputi pengecekan kesesuaian dokumen sesuai dengan implementasi, kelengkapan dokumen, data rekaman termasuk laporan hasil kegiatan dan respon dari pelanggan.

Acara penutupan pada tanggal 14 November 2008 secara resmi ditutup oleh Dr. Bambang Purwantara selaku Manager Representative. Pada acara penutupan tersebut disampaikan rekaman hasil audit internal berupa temuan maupun observasi yang disampaikan oleh tim auditor. Temuan tersebut harus ditindak lanjuti dan disampaikan pada kaji ulang manajemen pada tanggal 24 November 2008.